A proposta de Educação Física no Colégio Helyos é contribuir para a formação integral do aluno utilizando-se de atividades que proporcionem o desenvolvimento de competências, capacidades e habilidades, associadas a dimensões afetivas, cognitivas, sociais e psicomotoras. Na Educação Infantil, as aulas de Expressão Corporal e Ritmo contemplam o desenvolvimento social, cognitivo e cultural, ampliando seu repertório motor. As crianças aprendem, também, a dividir — descobrindo a parceria, a amizade e a colaboração.
No Ensino Fundamental I, as aulas visam aprimorar, de formas variadas, a lateralidade, a coordenação motora e o equilíbrio, através de brincadeiras, jogos pré-esportivos e iniciação esportiva.
No Ensino Fundamental II, as aulas de Educação Física trabalham com práticas mais indicadas para o desenvolvimento da aptidão física, a resistência cardiovascular e a flexibilidade, intensificando a prática dos esportes.
No Ensino Médio são oferecidas modalidades já desenvolvidas no Ensino Fundamental como vôlei, handebol, basquete e futsal.
A Educação Física complementa, desta forma, a educação intelectual e moral, visando à formação integral do aluno — corpo, mente e espírito.